Pelaksanaan Pilot Project Peningkatan Kinerja Penyelarasan merupakan tahapan uji coba implementasi rumusan strategi pelaksanaan dan pendampingan terhadap kegiatan yang mendukung Program Penyelarasan serta dapat dijadikan wahana ‘berlatih’ bagi semua pihak terkait untuk berinteraksi dan mengeksplorasi potensi-potensi pemecahan masalah secara bersama. Tujuan juknis ini adalah memberikan petunjuk dan/atau acuan bagi peserta pilot project peningkatan kinerja penyelarasan sehingga dapat melaksanakan program sesuai dengan rencana. Juknis berisikan pengertian, prosedur pelaksanaan, dan mekanisme pelaporan kegiatan.