Meski sukses di Jerman, BJ Habibie tak ragu angkat kaki untung pulang saat tanah air memanggil. Tahun 1978, BJ Habibie diangkat menjadi Menristek dan tercatat sebagai Menristek terlama dalam sejarah. Ia menjabat dalam empat periode Kabinet Pembangunan, selama 20 tahun sampai 1998.
Ia menggerakkan industri pesawat terbang, merencanakan pembangkit listrik tenaga nuklir, merancang satelit luar angkasa, menghidupkan kembali Institut Biomolekuler Eijkman, dan banyak lainnya. BJ Habibie juga mendapat tugas memimpin sejumlah industri strategis, seperti industri kapal laut, persenjataan, dan amunisi. Tak heran, banyak yang menyebutnya sebagai Menristek terbaik yang pernah ada.