BJ Habibie mengakhiri jabatannya sebagai presiden pada tahun 1999. Namun, hal itu tidak menghentikannya dari perjuangan menguatkan demokrasi di Indonesia. Tak lama, ia mengumpulkan para intelektual, dan dengan modal dari sakunya sendiri, mendirikan The Habibie Center.
The Habibie Center berfokus pada nilai-nilai utama demokrasi, dan perlahan juga melebarkan sayap ke bidang teknologi, maritim. The Habibie Center juga mengadakan penelitian, diskusi, dan seminar yang berkaitan dengan demokrasi, sosial, hukum, dan HAM secara rutin. BJ Habibie, setelah masa kepresidenannya berakhir, berperan penting dalam mendidik rakyat tentang demokrasi politik. Baginya, inilah kunci kemajuan rakyat Indonesia di masa depan — dalam demokrasi sehat dan sumber daya manusia yang andal.